根据自古沿袭下来的地理政区划分，这个岛国的主体部分，由“一畿七道”组成。京都以西的地区暂且不论，在京都坐落的近畿平原东边，从南到北依次被分为北陆道、东山道和东海道，这三个“道”，既是最高一级的行政区划，也是三条自京都出发的交通要道的名称。
其中，江户城就位于东海道尽头的关东平原，而幕府的直辖领地也重要散布在这里。
再往东北方向，就是理论上归镇守府下辖的陆奥和出羽边境，然后是蛮荒之地的虾夷岛。
因此，所谓的三路东征，就是分兵沿着北陆道、东山道和东海道，向东方齐头并进，沿途收服各个保持反抗或摇摆未定的藩国，最后攻入已经元气大伤的江户城，继而平定散布在陆奥和出羽的东北诸藩，一举摧毁旧幕府体制下的所有残余权势。
为此，仁孝天皇在朝廷官制之外，特设了三名全权总督，担负这三路大军的统帅——这不仅仅是军事上的安排，也是对未来政治权利的一次分配。
首先，来自“海外友邦”的龙巫教特使艾克林恩，被任命为东山道总督，带着他自行拼凑起来的图坎草原蛮族骑手、耐色瑞尔帝国南方政府派来送逝世的帝都近卫军、若干龙巫教精锐杀手、以及本地临时招募一些附庸杂兵，合计约摸五千余人，沿着最为坎坷坎坷的美浓、飞弹、信浓、甲斐一路向关东挺进。
其次，朝廷阵营当中军力最强的诸侯，萨摩藩主岛津怒志，被任命为北陆道总督，统领他麾下的近两万精锐萨摩军，以及一些依附于萨摩藩的小权势，合计约两万五千人，从京都北上越前、加贺、越中、越后一线，从北面进入关东平原，然后并不南下出击江户，而是北上攻略陆奥、出羽各藩，直抵已经举义反正的虾夷岛。为此，天皇又加封岛津怒志为镇守府将军，全权统辖广袤的东北地区军政事宜。
然后，在最重要的东海道一路，仁孝天皇安排了自己最亲信的宠臣藤原梅竹担负东海道总督，以及名义上的三军总帅。朝廷虽然没有直属兵马，但是在眼下的京城四面，多的是想去东海道富庶之地大肆劫掠发财的各路“勤王义军”。真正提兵进京的各藩诸侯，都不屑于糟蹋自家钱粮，招揽这些山贼土匪之流，但朝廷却毫不在意——当然，粮饷军械之类还是一概不发的，相反还要进贡朝廷一笔献金…
因此，把这些乌合之众林林总总全都加起来之后，朝廷就有了一支号称十万之众，实际估计能凑到四万的“浩荡大军”，虽然战斗力非常可疑，但仁孝天皇感到有了这么多人，就算是压也能把那些旧幕府残党和西洋鬼畜给压垮了，更何况根据历史上的经验，进军路上确定还会有很多豪族带兵投效…
最后，此次最先于长州藩起兵参战，屡次奇迹般大破强敌，几乎拖垮了幕府军主力的“奇兵队”总长绯月宗一郎，受封出任京都守护、检非违使等职务，负责留守近畿一带，监督大阪的残敌。并且奉旨以他手下的一千多“奇兵队”为核心，尽快扩充出一支三千人规模的“京侍”，即天皇的御亲兵。
总的来说，这个规模宏大的三路东征打算，安排得大体上还算合理。
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